Francesco Caracciolo ha insegnato Storia Moderna e, poi, Storia Economica in qualità di professore ordinario e ha diretto l'Istituto di Storia Economica e Sociale della Facoltà di Economia dell'Università di Messina.
Francesco Caracciolo si è avvalso del riconoscimento del Ministero della Pubblica Istruzione e del Consiglio Nazionale delle Ricerche e anche con l'apporto dei loro contributi ha svolto attività scientifica in Italia e in diversi Paesi europei. Per anni ha condotto ricerche specialmente in Spagna, in particolare nell'Archivo General di Simancas, nella Repubblica Federale di Germania, presso l'Istituto di Storia Economica e Sociale della Facoltà di Economia dell'Università di Colonia, e in Inghilterra, nel British Museum di Londra e nella Bodleian Library di Oxford.
Francesco Caracciolo è rimasto a lungo in Germania e ha continuato a svolgere il lavoro da tempo intrapreso e condotto, tra l'altro, nel Rheinisch-Westfalisches Wirtschafts Archiv di Köln, avendo avuto il sostegno dell'Alexander von Humboldt Stiftung e, in essa, la veste di Forschungsstipendiat. Ha approfondito temi, tra l'altro, sulla rivoluzione industriale nei Paesi europei second comers e negli Stati Uniti d'America, sulla crisi dell'Occidente e sul processo di industrializzazione in Renania.
In Italia Francesco Caracciolo ha insegnato Storia Moderna e, poi, Storia Economica in qualità di professore ordinario.
È andato intanto stendendo e pubblicando decine di saggi e di articoli su riviste scientifiche italiane ed estere, come "Nuova Rivista Storica", "Historische Zeitschrift", "Clio", "Quaderni Contemporanei", "Archivio Storico", "Rassegna di Cultura", "La Calabria", "Ricerche di Storia Sociale".
Fornendo anche il proprio apporto scientifico in qualità di relatore, Francesco Caracciolo ha organizzato un convegno internazionale "Mezzogiorno e Italia nell'Europa del 1992", che si è tenuto nel 1991 e di cui ha curato gli atti pubblicati nel 1992. È stato relatore in numerosi altri convegni, come "Credito e sviluppo economico in Italia", "Quale mercato per quale Europa", "Terranova tra passato e presente". Ha trattato i temi più diversi nei suoi numerosi lavori, ultimi dei quali sono "Come muore una civiltà e come sta morendo la nostra" (2008, 2013), "Onorata società e società onorata, (ed. integrale)" (2009), "Onorata società e società onorata (ed. ridotta)" (2009), "Mali estremi" (2010), "L'integrazione dell'arcipelago migratorio in Occidente" (2010, 2013), "La congiura antispagnola di Tommaso Campanella: delatori e persecutori" (2011), "Banditi, baroni viceré nel regno di Napoli in età moderna" (2011), "Banditismo nel Mezzogiorno d'Italia tra Rinascimento e Barocco" (2012), "Fossa", "Imprenditoria e aumento della produzione nel seicento". Un caso indicativo (2012).
Francesco Caracciolo si è cimentato anche nella narrativa scrivendo un romanzo storico "Fabio e la fine di un sogno" pubblicato nel 2009, un romanzo ambientato nel Mezzogiorno d'Italia nei primi decenni del novecento "Cattiva Stella", pubblicato nel 2013, un romanzo il cui titolo è "Fattacci", pubblicato nel 2019 e nel 2020 ha pubblicato il romanzo dal titolo "Benestanti".
Nel 2014 sono usciti due suoi altri volumi: "Satire e poemetti su vicende, consorterie e protetti", di pagine 108 e "Canti", di pagine 124.
Francesco Caracciolo ha ricevuto premi letterari nel 1975, nel 1985 e nel 1994. I suoi lavori di vario contenuto concernono il Mezzogiorno d'Italia nell'età moderna, i progressi economici e industriali di alcuni Paesi europei e degli Stati Uniti d'America, i profondi mutamenti in particolari aree nel secolo XIX, il processo di integrazione dell'Europa comunitaria, le origini, la costituzione e il carattere della criminalità organizzata e la sua connessione con la società civile, la crescita economica e l'immigrazione in Occidente, il conseguente sconvolgimento sociale, l'integrazione dei nuovi venuti, la sorte della civiltà occidentale, l'Italia e l'afflusso di migranti dal 1970 al 2015, le sfortunate avventure di un giovane idealista, vicende, luci e ombre nella società di due cittadine calabresi nei primi decenni del novecento, misteriose carriere di particolari individui, intrighi di consorterie, l'uomo e l'universo cantati in numerosi componimenti poetici.

Francesco Caracciolo ha ricevuto il Premio alla cultura nel 1985 e nel 1994, conferito dalla Presidenza del Consiglio dei Ministri

Ha ottenuto finanziamenti per la ricerca scientifica dal Ministero della Pubblica Istruzione e contributi dal Consiglio Nazionale delle Ricerche

È stato Forschungsstipendiat dell'Alexander von Humboldt Stiftung